Vijeće učenika je predstavničko tijelo svih učenika. Ono organizira aktivnosti učenika i priprema različite vrste projekata. Zaduženo je za prenošenje ideja i prijedloga učenika administraciji škole.
Rukovodstvo Vijeća učenika se bira glasanjem članova, tj. predstavnika, koji svoj glas daju kandidatu za kojeg smatraju da je najsposobniji za tu poziciju. Kandidati su učenici trećih razreda, koji su bili aktivni članovi Vijeća. Kandidat s najvećim brojem glasova bira se za predsjednika Vijeća, a sljedeći kandidat po broju glasova je njegov zamjenik.
Predsjednik Vijeća učenika je Daris Umihanić, a njegov zamjenik Emir Salihović.
Vijeće učenika čine predstavnici svih odjeljenja od prvog do četvrtog razreda. Predstavnici se biraju na početku školske godine, glasanjem učenika unutar svakog odjeljenja.
Članovi Viječa učenika su:
- 1a Davud Mahmutović
- 1b Hidajet Mahalbašić
- 1c Adna Omerović
- 1d Mubina Mehmedović
- 2a Kadir Terzić
- 2b Osman Šahdanović
- 2c Sumeja Dorić
- 2d Nedžla BAćevac
- 3a Seid Softić
- 3b Elnur Mahmutbegović
- 3c Ilma Nezirović
- 3d Aiša Mujagić
- 4a Emir Salihović
- 4b Daris Umihanić
- 4c Emina Nurikić
- 4d Majda Mehmedović
Vijeće učenika Behram-begove medrese je, između ostalih, aktivno učestvovalo u projektima:
- “Svježa prostorija, svježe ideje”, u sklopu fondacije Mozaik, kojim smo obnovili prostoriju za Vijeće učenika,
- Humanitarna akcija “Jedan slatkiš, jedno dijete”,
- Večer Kur’ana,
- Projekat “Bunar za Afriku”,
- Behram-begova liga u fudbalu…