Odgojni i nastavni rad u Behram-begovoj medresi su organizirani tako da svako odjeljenje ima svoju učionicu u kojoj se izvodi nastava i obavljaju odgojne i druge aktivnosti.
S obzirom na to, svih šesnaest odjeljenja je raspoređeno u 16 učionica. Te učionice su općeg tipa i opremljene su klupama, katedrama za profesore i stolicama. Svaka učionica ima i rafe za odlaganje knjiga i školske table. Na zidovima su ugrađene površine od pluta za postavljanje panoa, ukrasa i sl. Sve učionice su opremljene video-projektorima i mrežnim priključcima, a učenici imaju i mogućnost WiFi besplatnog pistupa internetu.
Osim učionica, u Behram-begovoj medresi postoje i multimedijalni kabinet, kabinet fizike i matematike i kabinet bilogije i hemije.