Školska biblioteka Behram-begove medrese smještena je u prizemlju objekta C i zauzima oko 150 m2 prostora. Sastoji se od nekoliko prostorija:
- Čitaonica je opremljena kvalitetnim policama za knjige i velikim radnim stolom s 22 stolice. Učenici je koriste za zajedničko ili individualno učenje, praktična je za održavanje nastave ili sekcija s manjim brojem učenika. U njoj je smještena bibliotečka građa na arapskom, engleskom i turskom jeziku, serijske publikacije i referentna građa.
- Klub za učenike je prostor namijenjen za zajednički rad (sekcije, pripreme za takmičenje, druženje) i veoma je ugodan za boravak.
- Radni prostor za učenike je polukružni sto s računarima, namijenjen za individualni rad.
- Pult za izdavanje bibliotečke građe.
- Kancelarija bibliotekara.
Cjelokupni prostor školske biblioteke je funkcionalan i praktičan. Osvijetljenost i ugodna atmosfera omogućavaju učenicima da se mogu nesmetano posvetiti svojim školskim zadacima.
Bibliotečka građa (preko 13.000 bibliotečkih jedinica) raspoređena je na stručnu građu, književnost, referentnu građu i serijske publikacije. Signirana je prema UDK-sistemu u slobodnom pristupu. Građa je označena adekvatnim oznakama, pa je veoma lahko snaći se u prostoru. Stručna literatura je podijeljena prema predmetima koji se izučavaju u Medresi, a književnost je razvrstana u četiri grupe: svjetska, južnoslavenska, orijentalna i bosanskohercegovačka književnost. Poseban dio polica kod pulta je namijenjen za smještaj lektirnih naslova, koji su razvrstani prema razredima u kojima se obrađuju. Evidencija iznajmljene/vraćene građe vrši se uz pomoć sistema FACIT Biblioteka.
Poseban kutak je posvećen za osnovce, koji također mogu biti članovi školske biblioteke Behram-begove medrese.
Korisnici školske biblioteke su učenici i profesori kao i ostali uposlenici. Posebna grupa korisnika su učenici iz osnovnih škola.
U školskoj biblioteci su radili Amir Sakić i Muhamed Hasanspahić, a trenutno je zaposlen Rijad Šestan.