Svi materijalni resursi stare Behram-begove medrese su oduzeti ili uništeni. Sama njena zgrada, građena u vrijeme Austro-Ugarske u prepoznatljivom pseudomaurskom stilu u centru Tuzle, vremenom je devastirana, da bi, usljed sijeganja terena i ljudske nemarnosti, potpuno srušena 1974. godine. Od toga veleljepnog zdanja ostala je samo ulazna kapija.
Stoga je, u novome periodu rada Medrese, izuzetno značajan datum 9. maj 1994. godine, kada je, na sastanku predstavnika Muftijstva tuzlanskog, Okruga Tuzla, Općine Tuzla i Behram-begove medrese dogovorena mogućnost za smještaj Medrese u prostorima Rudarskog školskog centra u ulici Mihajla Pupina. Prije ovoga dogovora, kao mogućnost za prostorni smještaj Medrese navođena je i osnovna škola u naselju Mosnik.
Postignuti dogovor je praktično realiziran 25. augusta 1994. godine, kada se Medresa i zvanično uselila u svoje nove prostore.
Od toga datuma teku složeni poslovi na renoviranju starih i izgradnji novih zgrada Medrese, jer su potrebe za prostorom stalno rasle.
Kompleks Behram-begove medrese čini više objekata, namijenjenih postizanju ciljeva odgoja i obrazovanja učenika:
- Objekat A – prostor za nastavu i internat za učenice (2.458,41 m2)
- Objekat B – internat za učenike, s kuhinjom i bibliotekom (2.969,90 m2)
- Objekat C – administracija, nastava i dio smještaja učenika (1.241,00 m2)
- Objekat D – internat za učenice (800,00 m2)
- Fiskulturna sala (787,74 m2)
- Amfiteatar, kabineti za prirodne nauke (732,76 m2 )
- Džamija (968,24 m2)
- Prizemlje vakufskog objekta (623,72 m2)
Prostorni resursi Behram-begove medrese:
- 16 učionica općeg tipa,
- 1 amfiteatar,
- 1 kabinet za Fiziku i Matematiku,
- 1 kabinet za Informatiku,
- 1 kabinet za Biologiju i Hemiju,
- fiskulturna sala,
- 2 vanjska sportska terena,
- biblioteka sa čitaonicom,
- zbornica,
- 86 spavaonica,
- 6 prostorija za dnevni boravak učenika,
- kuhinja za potrebe internatskog života,
- restoran,
- magacinski prostori za potrebe internata,
- hladnjača,
- vešeraj,
- prostorije za administraciju,
- džamija,
- vakufski prostori.
Svi prostori su priključeni na gradsku toplifikacijsku mrežu.
Danas kompleks Behram-begove medrese obuhvata oko 11.000 m2 zatvorenih prostora i oko 15.000 m2 dvorišta i drugih otvorenih prostora.
Ovo je prvi i glavni prostor medresanskog kompleksa.
U prvom renoviranju tokom 1994. godine paviljoni Rudarskog školskog centra i njegova administrativog dijela su pretvoreni u prostore za nastavu i za domski smještaj učenica.
No, kako su potrebe Medrese konstantno rasle, naslijeđeni gabariti ove zgrade su postali nedovoljni, pa je tokom 2001. godine izvršena njena opsežna rekonstrukcija, kao i nadziđivanje novog sprata i proširenje na sjevernoj strani.
Nakon tih zahvata, ovaj objekat je dobio 14 učionica, spavaonice za učenice, dva prostora za slobodne aktivnosti učenica, široke holove, funkcionalne kabinete odgajateljske službe i druge sadržaje. U njemu je, skoro u potpunosti, smještena nastava i obavezni popodnevni rad učenika i učenica.
Radovi na prvoj rekonstrukciji ovoga objekta (uvijek planiran isključivo za muški učenički dom) započeti su 4. decembra 1995. godine. Već u školskoj 1996/97. godini učenici Medrese više nisu stanovali u iznajmljenim kućama i stanovima, nego u ovome objektu. Tu im je bila jedno vrijeme organizirana i nastava.
Druga rekonstrukcija je izvršena tokom 2008. godine. Tada je ovaj objekat dograđen na južnoj i zapadnoj strani, a na postojeća dva sprata nadograđen je još jedan. Zgrada je u dobroj mjeri promijenila i svoj arhitektonski oblik.
Nakon ove druge obnove, Behram-begova medresa je u ovome objektu dobila spavaonice, dvije prostrane prostorije za slobodne aktivnosti učenika, modernu kuhinju s restoranom, radne sobe odgajatelja i salu za konferencije.
Ovaj objekat je spona između objekata A i B, jer se oba nadovezuju na njega.
Izgrađen je u potpunosti kao novi, a na mjestu na kojem je ranije bila prizemna zgrada administracije i glavni ulaz u Medresu. Gradnja je tekla tokom 2004. godine, a okončana je 2. decembra 2005. godine.
U objektu C su smješteni administracija Medrese (kancelarije i zbornica), školska biblioteka, multimedijalni kabinet, dvije učionice, glavni prijemni hol i recepcija, te dio spavaonica za učenice.
U njemu se uglavnom primaju i brojne delegacije i prijatelji koji svakodnevno posjećuju Medresu.
Početkom jeseni 2019. godine, u Behram-begovoj medresi su okončani veliki radovi na izgradnji doma za učenice (Objekat D), te su početkom školske 2019/2020. svoj smještaj u ovoj zgradi u našle i učenice Medrese, kojima je time omogućen puno udobniji i komforniji smještaj, a samim time i bolji uslovi za učenje i boravak u Behram-begovoj medresi.
Gradnja je bila zahtjevna, zbog nepristupačnosti lokacije na kojoj je smješten. Naime, ovaj objekat se nalazi na sjevernoj strani kompleksa Medrese i ne postoji nikakva putna komunikacija kojom bi se mogla dovesti neka građevinska mašina ili građevinski materijal.
Potreba da se funkcioniranje Behram-begove medrese podupre snažnim vakufskim dobrom, a koja se naslanjala i na tradiciju vakufa i uvakufljavanja u Bosni i Hercegovini, naglašena je odmah po reaktiviranju Medrese.
Tako je započeta izgradnja vakufskog poslovnog objekta Behram-begove medrese na jugoistočnoj strani njenoga kompleksa, uz Rudarsku ulicu. Ova lokacija je pogodna zbog svoga položaja i blizine same Medrese, a namjena mu je da se, izdavanjem nekoliko poslovnih prostora, osiguraju dodatna sredstva za funkcioniranje Medrese.
Izgrađeni su i vakufski prostori u kompleksu Džamije Kralja Abdulaha i u kompleksu Turali-begovog vakufa u Tuzli.
